哈利在德思礼一家的生活在玛姬姨妈来做客的那时起变得尤为恐怖，尽管哈利知道未成年的巫师不能在霍格沃茨魔法学校之外使用魔法，但是玛姬对哈利父母无情的讽刺和侮辱使他无意识地使用了魔法——他令玛姬被吹胀起来，玛姬飘到了空中。

哈利跑出了德思礼家，并搭乘骑士公共汽车去伦敦，路上，他听说到关于一个叫做小天狼星·布莱克的罪犯巫师，据说曾经用一道咒语杀死了十三个人，逃出了阿兹卡班监狱。哈利发现他使用魔法并没有被魔法部惩罚。很快，哈利就知道为什么了——小天狼星布莱克正在寻找他，魔法部更关心哈利的安全，而不关心他是否对姨妈使用了魔法。魔法界现在正陷在恐慌中，魔法部部长通知了“麻瓜”（没有魔法的人）英国首相布莱克越狱的事情。霍格沃茨已经被摄魂怪保护起来。随着时间的推移，哈利发现布莱克和已经被伏地魔的自己父母有着某种关系。故事在哈利发现小天狼星布莱克根本没有犯罪、阿兹卡班监狱关错了人之时发生转折。真正的罪犯（用一句咒语杀死十三个人的人）是小矮星彼得。彼得将哈利父母的住址告诉了伏地魔造成了他们的死亡。彼得是一个阿尼马格斯，可以根据意愿随便变成动物，他其实一直作为罗恩的宠物老鼠斑斑生活着。魔法部不相信哈利的话，从而依然认为小天狼星有罪，但罗恩·韦斯莱、赫敏·格兰杰、阿不思·邓布利多都相信哈利，最后他们帮助小天狼星逃之夭夭了。