药物人自学Rosetta困难多怎么办??
ztj100 2024-10-27 18:30 22 浏览 0 评论
Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用
第一天 | ||
时间 | 内容 | 主要知识点 |
AM 9:00~9:50 | 一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计 目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。 | 1 蛋白质折叠与结构预测简介 1.1 主链二面角与二级结构 1.2 侧链堆积与三级结构 2 蛋白质设计简介 2.1 蛋白质设计的分类及应用 |
AM 10:00~10:50 | 二. Rosetta基础 三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础 目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。 | 3 Pose/mover/scorefunction 4 LINUX 入门命令 4.1 用户属组及权限 目录文件属性 4.2 LINUX基础命令 环境变量 4.3 shell常用命令练习 4.4 conda介绍 |
AM 11:00~12:00 | ||
PM 14:00~14:50 | 四． 结构扰动与结构优化 五．序列设计 PackRotamer和FastDesign 目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。 | 5 Minmover, MC Mover, Fastrelax mover 5.1 Movemap 6 RosettaScript组成和要素 6.1 Filter ResidueSelector TaskOperation 6.2 DSSP/Disulfidize Mover |
PM 15:00~15:50 | ||
PM 16:00~17:00 | ||
第二天 | ||
时间 | 内容 | 主要知识点 |
AM 9:00~9:50 | 六. 蛋白-蛋白对接基础 目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。 | 7 Translat和rotation mover 7.1 Low resolution的全局搜索 7.2 High resolution的精细调整 7.3 FoldTree |
AM 10:00~10:50 | 七. 抗体设计 目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令 | 8 抗体结构文件的处理 8.1 PyIgClassify 8.2 抗体抗原对接模型 8.3 CDR区优化 8.4 Framework区优化 案例实践： ? SSD和MSD设计任务 |
AM 11:00~12:00 | ||
PM 14:00~14:50 | 八. CartisenDDG 突变扫描 九. RosettaScript应用 目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。 | 9 序列与结构设计 9.1 Input和Output flags控制输入输出 9.2 CleanAtom结构预处理 9.3 ROSETTACLASH.LOG和 RosettaCommons 9.4 ResFile等辅助文件 9.5 小改中改与大改 9.6 练习答疑 案例实践： ? FastDesign设计任务 |
PM 15:00~15:50 | ||
AM 16:00~17:00 | ||
PM 15:00~15:50 | ||
PM 16:00~17:00 | ||
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